国土交通省は、2016年度「モーダルシフト等推進事業」を2次募集すると発表した。温室効果ガスの排出削減、流通業務の省力化による、持続可能な物流体系の構築を図るため、荷主企業、物流事業者など、物流関係者によって構成される協議会が実施するモーダルシフトの取り組みを支援する「モーダルシフト等推進事業」を募集する。今回、これまで実施していた運行経費補助に加え、物流総合効率化法に基づいた計画認定を受けるための計画策定経費も補助する。運行経費補助を受けるには、物流総合効率化法に基づいた計画認定が必要となる。補助率は計画策定経費（定額）と運行経費の最大半分。2016年度予算額は一次募集との合計で3700万円。
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